CITIS dans la fonction publique: pour qui et à quoi sert- il ?

Fonctionnaire en congé de maladie ordinaire après un accident de service, une maladie professionnelle ou un épuisement professionnel ? Découvrez à qui s’adresse le CITIS dans la fonction publique, ce qu’il change pour votre rémunération, vos frais médicaux et votre carrière, et les règles applicables aux agents contractuels.
28
sept
2026

Vous êtes en arrêt maladie depuis plusieurs semaines ou plusieurs mois. Mais votre état de santé s’est dégradé dans un contexte professionnel difficile : surcharge de travail, accident sur votre lieu de travail, gestes répétitifs, …

Et pourtant, administrativement, vous êtes simplement placé en congé de maladie ordinaire.

Beaucoup d’agents publics découvrent tardivement qu’il existe un autre dispositif lorsque leur incapacité de travailler est liée au service : le congé pour invalidité temporaire imputable au service, plus couramment appelé CITIS.

La différence n’est pas seulement une question de vocabulaire administratif. Elle peut avoir des conséquences importantes sur votre rémunération, la prise en charge de vos soins et votre carrière.

Décryptage.

Le CITIS, qu’est-ce que c’est ?

Le CITIS est un congé accordé au fonctionnaire dont l’incapacité temporaire de travailler est liée au service. Il peut être accordé lorsque cette incapacité résulte :

  • d’une maladie reconnue comme ayant été contractée en service.
  • d’un accident reconnu imputable au service ;
  • d’un accident de trajet ;

Autrement dit, le CITIS n’est pas une nouvelle catégorie de maladie. C’est le congé dans lequel peut être placé un fonctionnaire lorsqu’un accident ou une maladie est reconnu comme professionnellement lié à son activité.

Cette distinction est fondamentale: être malade et être malade en raison de son travail ne produit pas nécessairement les mêmes effets sur votre situation administrative.

Qui peut bénéficier d’un CITIS ?

1. Le CITIS concerne les fonctionnaires, titulaires ou stagiaires, des 3 fonctions publiques:

  • fonction publique de l’État ;
  • fonction publique territoriale ;
  • fonction publique hospitalière.

Dès règles spécifiques s’appliquent pour les stagiaires, notamment s’agissant de la durée du CITIS.

2. Et si vous êtes contractuel ?

C’est une distinction importante : un agent contractuel de droit public n’est pas placé en CITIS.

En revanche, s’il est victime d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle, il peut bénéficier d’un congé pour accident du travail ou maladie professionnelle, régi par le régime général de sécurité sociale et complété par les règles propres aux agents contractuels de la fonction publique.

Les textes applicables sont notamment :

Dans les trois cas, il existe donc bien une protection lorsque la maladie ou l’accident a une origine professionnelle.

Mais le régime juridique et les conditions de rémunération ne sont pas exactement les mêmes que pour un fonctionnaire.

C’est la raison pour laquelle la première question à se poser est toujours celle de votre statut.

Pourquoi demander un CITIS plutôt que rester en congé de maladie ordinaire ?

Lorsqu’un agent est déjà en arrêt, la question peut sembler très administrative : après tout, dans les deux cas, il ne travaille pas.

Pourtant, les conséquences sont très différentes.

1. Le CITIS permet le maintien de l’intégralité du traitement

Depuis 2025, un fonctionnaire placé en congé de maladie ordinaire perçoit en principe 90 % de son traitement indiciaire pendant les trois premiers mois, puis 50 % pendant les neuf mois suivants.

En CITIS, le principe est différent : le fonctionnaire conserve l’intégralité de son traitement jusqu’à ce qu’il soit en état de reprendre son service ou jusqu’à sa mise à la retraite.

Lorsque l’arrêt se prolonge, la qualification de la situation peut donc avoir des conséquences financières importantes. Ce n’est pas un détail lorsque l’on est déjà fragilisé par plusieurs mois d’arrêt et que l’on commence, en plus, à s’inquiéter d’une baisse de revenus.

2. Les frais médicaux liés à l’accident ou à la maladie peuvent être pris en charge

Lorsque l’imputabilité au service de l’accident ou de la maladie est reconnue, le fonctionnaire a également droit au remboursement des honoraires médicaux et des frais directement entraînés par cet accident ou cette maladie (séances de kiné, cures thermales, etc…)

Là encore, le lien avec le service produit donc des effets très concrets.

3. Le CITIS protège les droits liés à la carrière

La période passée en CITIS est assimilée à une période de service effectif:

  • Elle est notamment prise en compte pour les droits à avancement
  • Ainsi pour la retraite (dans les conditions prévues par les textes).

Le sujet ne se limite donc pas au montant perçu pendant l’arrêt : la manière dont votre absence est juridiquement qualifiée peut avoir des conséquences à plus long terme.

Pour quelles pathologies et quels types d’accidents ?

Tous, sous réserves d’être reconnu comme étant lié au service ou aux fonctions.

Cela peut donc concerner les arrêts liés à des accidents de la route, des chutes accidentelles survenues dans le cadre des fonctions, …

Pour les maladies, il peut s’agir autant de pathologies physiques (troubles musculo- squelettiques), que de pathologies psychiques ou psychiatriques (épuisement professionnel, syndrome anxio- dépressif,…)

Vous êtes déjà en congé de maladie ordinaire : est-il trop tard ?

Pas nécessairement.

C’est même une situation fréquente : l’agent consulte son médecin parce qu’il ne parvient plus à travailler, transmet son arrêt à son administration et se retrouve placé en congé de maladie ordinaire, sans avoir envisagé à ce stade une éventuelle origine professionnelle de son état de santé.

Une demande de CITIS peut tout à fait être présentée alors que l’agent est déjà en congé de maladie, notamment ordinaire.

Lorsque les conditions sont réunies et que l’imputabilité au service est reconnue, le placement en CITIS peut prendre effet à compter du premier jour du congé initial correspondant.

Mais attention quand même…

Les demandes de CITIS ne sont plus possibles passées un certain délai.

Et entre l’accident et la maladie professionnelle, les délais ne sont pas les mêmes:

  • 15 jours pour les accidents,
  • 2 ans à compter de la première constatation médicale de la maladie, ou de la date à laquelle l’agent est informé médicalement du lien possible de la maladie avec son activité professionnelle.

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